Banco de dados com 1,2 milhão de variantes genômicas mapeia a variabilidade existente no Brasil, auxiliando estudos sobre herança genética, envelhecimento e origem de doenças

Acervo eletrônico com mutações da população brasileira irá subsidiar pesquisas sobre genética, envelhecimento e saúde – Arte sobre foto de Marcos Santos/USP Imagens

Dados sobre variações genéticas de populações brasileiras acabam de ser disponibilizados no site do projeto Arquivo Brasileiro Online de Mutações (ABraOM), desenvolvido pelo Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco (CEGH-CEL) do Instituto de Biociências (IB) da USP. O objetivo do ABraOM, que reúne mais de 1,2 milhão de variantes genômicas, é mapear a variabilidade existente no Brasil, o que ajudará em estudos sobre herança genética, envelhecimento e origem de doenças. O projeto foi apresentado pelos pesquisadores Guilherme Yamamoto e Michel Naslavsky no seminário BIPMED: One Year And Forward, realizado pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp) em 10 de novembro.

Os primeiros dados inseridos no site do ABraOM vieram da coorte (grupo de pessoas pesquisadas) Sabe 609, que traz as variantes do exoma (parte do genoma) de uma amostra baseada no censo demográfico de 609 idosos da cidade de São Paulo, que participam do projeto Saúde, Bem-estar e Envelhecimento (Sabe), da Faculdade de Saúde Pública da USP. Michel Naslavsky explica que o genoma humano guarda informação para codificar as proteínas e outras moléculas funcionais, como os RNAs, que são importantes para o funcionamento das células. “Os locais específicos onde são encontradas as sequências que darão origem às proteínas são os exons. O exoma é o conjunto completo dessa coleção de exons do genoma.” O exoma representa cerca de 2% do genoma completo. “Olhar a variação do exoma é ter mais chances de enxergar variantes com efeito funcional. Como o sequenciamento completo do genoma ainda é custoso, a análise do exoma é um modo mais acessível de obter informações ligadas às proteínas.”

Apresentação do site do Arquivo Brasileiro Online de Mutações (ABraOM) na sede da Fapesp, em São Paulo – Foto: Marcos Santos / USP Imagens

As variantes são as posições do exoma e do genoma que variam na população. “Existem pessoas que possuem um alelo que é considerado de referência, e outras que têm um alelo alternado. Esse alelo, que é a variante, pode ou não ter um efeito no fenótipo, ou seja, na característica final da pessoa”, relata o pesquisador do IB. “Quando há um efeito, ele não é necessariamente deletério, como uma doença, as pessoas têm características anatômicas diferentes entre si em decorrência desse conjunto de variantes.” O projeto Sabe, iniciado no ano 2000, realiza diversos estudos sobre as condições de vida e de saúde de idosos em São Paulo. Em 2010, o CEGH-CEL começou a realizar análises genéticas a partir de amostras de sangue e saliva dos participantes do projeto. O sequenciamento do grupo de 609 idosos levou à obtenção de 2.382.573 sequências do exoma.

Pesquisador Michel Naslavsky relata as etapas do processo de identificação das variantes genômicas -Foto: Marcos Santos / USP Imagens

Para certificar-se de que as variações eram verdadeiras, os pesquisadores aplicaram um protocolo internacional para atestar a qualidade das variantes e criaram um algoritmo para adequar os resultados à baixa disponibilidade de dados genéticos da população brasileira. Restaram 1.264.224 variantes, das quais 45.347 (3,6%) não eram reportadas em nenhum banco de dados internacional. Dessas variações, 2.744 apontavam para uma possível mudança de função dos genes. A comparação com outras bases de dados indicou variações patogênicas associadas ao câncer em sete idosos pesquisados (1,15%), e cinco deles não tinham manifestado sintomas da doença. “Algumas sociedades médicas recomendam que haja uma comunicação ao paciente quando é identificada uma variante potencialmente patogênica”, observa Naslavsky.

ABraOM

No site http://abraom.ib.usp.br, o usuário irá encontrar informações sobre o projeto, a população de idosos estudada e as variantes genômicas descritas.”Estão listadas variações genéticas existentes em todo exoma, que podem definir características como estatura e cor de pele ou até mesmo ocorrência de doenças como a anemia falciforme”, explica Guilherme Yamamoto. De acordo com o pesquisador, quando se tem um conjunto de todas as variantes da população de São Paulo, pode-se saber qual delas está associada, por exemplo, à diabete, à estatura média ou a doenças mais raras. “Há tabelas com uma série de anotações que indicam em que gene está cada mudança, qual seu lugar no DNA e em quantas pessoas ela foi observada.”

Guilherme Yamamoto, pesquisador do IB, explica sobre os conteúdos disponíveis no site do ABraOM – Foto: Marcos Santos / USP Imagens

Entre os próximos passos do projeto, Yamamoto menciona disponibilizar as informações para outros bancos de dados sobre variações genéticas. “Outra meta é fazer a integração com a base de dados Zen, que reúne o fenótipo, ou seja, as variações clínicas do paciente”, diz. “Por exemplo, se cinco pacientes apresentam uma variação clínica, o cruzamento de informações indicará se eles apresentam ou não a mesma variante genética.”

A população de idosos também será estudada do ponto de vista do envelhecimento. “O objetivo é saber se existem mutações que favorecem o envelhecimento saudável e como elas funcionam”, aponta o pesquisador. Ao mesmo tempo, o grupo será analisado como uma população brasileira, a fim de determinar suas origens genéticas (africana, europeia, indígena). “Ao caracterizar essa população, será possível constituir um banco de dados melhor para quando brasileiros forem comparados do ponto de vista genético, pois hoje são usadas referências internacionais, da Europa e Estados Unidos, e a referência brasileira é diferente.”

O projeto tem apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp) e do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). “O auxílio vem desde a escolha dos idosos e a coleta de material genético e inclui a compra de computadores para armezanar as informações do sequenciamento genético”, relata Yamamoto. O Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco faz parte do projeto dos Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (Cepids) da Fapesp e dos Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs) do CNPq. “Além dos recursos para o funcionamento do centro, a USP também contribuiu com a aquisição de equipamentos para manter um banco de dados que comporte uma grande quantidade de informações.”

Mais informações: e-mails glyamamoto@gmail.com, com Guilherme Yamamoto, e mnaslavsky@gmail.com, com Michel Naslavsky