O golpe militar de 1964 inaugurou um período de perdas incalculáveis para a ciência nacional. Na Fiocruz — que, na época, chamava-se Instituto Oswaldo Cruz (IOC) —, os anos de chumbo causaram a interrupção de inúmeras pesquisas, o aniquilamento de laboratórios, prejuízos irrecuperáveis em coleções biológicas, a suspensão de colaborações com outros centros de pesquisa. E houve, também, a perseguição a cientistas. Com a imposição de um diretor designado pelo próprio regime e a presença constante de militares no campus, os pesquisadores passaram a ter suas atividades controladas e suas verbas de pesquisa cortadas. Muitos deles foram arrolados em inquéritos, sob o pretexto de se apurar atos de subversão e corrupção.
No dia 1º de abril de 1970, sem que absolutamente nada fosse provado contra eles, dez cientistas da instituição foram cassados pela ditadura militar, com base no AI-5. Tiveram seus direitos políticos suspensos e foram impedidos de trabalhar no IOC e em outras instituições federais. O episódio ficou conhecido como Massacre de Manguinhos. Herman Lent, referência mundial no estudo de besouros, o inseto transmissor da doença de Chagas, foi um dos cientistas cassados. Anos depois, registrou num livro, de forma clara e objetiva, os inquéritos, as indagações, punições, circulares, restrições, pressões e transferências, que causaram enorme prejuízo à ciência. Mas, também, a mobilização e a resistência dos cientistas, que enfrentaram as agressões insistindo na criação de um Ministério para a Ciência. O Massacre de Manguinhos, publicado em 1978 pela Avenir Editora, logo tornou-se referência para os estudos sobre o impacto da ditadura militar na atividade científica realizada no Brasil. A capa, criada por ninguém menos que o arquiteto Oscar Niemeyer, exibia a ilustração do Castelo Mourisco, símbolo mais marcante da Fiocruz, com uma de suas torres desmoronando.
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